冷凍干燥機對環境是有一定要求的。環境溫度高對冷凍干燥機制冷系統的散熱非常不利，當環境溫度高于冷媒正常工況要求的冷凝溫度時，迫使冷凝壓力升高，制冷量隨之下降而壓縮機功耗卻顯著上升，導致冷凍干燥機經濟技術指標全面劣化。因此要求風冷型冷凍干燥機的環境除了要低于規定值外，還必須通風良好，使工作散熱不在機器周圍積累；水冷型冷凍干燥機的進水溫度必須控制在制定溫度以下。在超過額定環境溫度下使用冷凍干燥機必然要付相應的經濟或質量代價。一般而言環境溫度低一些是有利于冷凍干燥機運行的。在太低的環境溫度（例如低于零度）使用冷凍干燥機時，因為空氣中水分含量本來就不多，自動排水器中的積水要間隔較長時間才能排出一次，因而要防止杯內積水結冰而損壞設備。實際上很多冷凍干燥機都不允許在2℃的環境中使用。

    冷凍干燥機距離墻體要＞30cm，工作環境應沒有導電塵埃、爆炸性、腐蝕性氣體及強電磁場干擾。凍干機在通氣時一定要注意緩慢，旋開微通氣閥1/2-3/4圈后，有稍稍吸住手指的感覺即可，禁止把微通氣閥瞬間開大而損壞真空傳感器。有機玻璃罩與主機靠硅膠密封圈密封，應保持密封圈的清潔，防止劃傷、損傷、有機玻璃罩不可用有機溶劑擦拭。